Это иногда происходит из-за объединения нескольких брашей в одну func_water-энтитю. Три варианта - сделайте один большой func_water, и растяните его так, чтобы покрыть необходимую область (ничего страшного в том, что вода выходит за пределы карты), делайте разные браши отдельными func_water-энтитями, или не делайте водные браши энтитями вообще, только убедитесь, что они покрыты водной текстурой со всех сторон.

Используйте текстуру clip. Браш, окрашенный этой текстурой невидим, но не дает пройти сквозь него (его называют clip-брашем). Ставьте его также в тех местах, где возможно застревание игрока.
Clip пропускает сквозь себя выстрелы. Если вам нужно, чтобы выстрелы тоже блокировались, то создайте в нужном месте func_wall -энтитю из любой другой текстуры (не clip), и поставьте ей RenderMode = texture, FXamount = 0.
Если нужно, чтобы препятствие исчезало/появлялось, то либо используйте дверь с приведенными выше параметрами отображения, либо func_wall_toggle - активируя ее, вы будете вызывать появление/исчезновение объекта.
Если вы делаете решетку, то делайте её из энтити func_illusionary, а поверх ставьте clip-браш для блокировки игрока. Это позволит играющему стрелять сквозь решетку.

Null - это инструмент оптимизации карты. Его используют для окраски невидимых для игрока плоскостей, например, крыш домов. Плоскости, окрашенные в эту текстуру, не участвуют в процессе отображения, снижая wpoly. Раньше для этих целей мапперы использовали текстуру sky, но сейчас, во время zhlt, это как-бы "не модно", плос к тому же null безопаснее от багов освещения.
Помните, что хоть и null прозрачен сам по себе, но он все же продолжает блокировать поле зрения для vis'а, поэтому не используйте его для создания невидимых препятствий, когда для этих целей существует текстура clip. Также не соприкасайте его с другими видимыми игроку плоскостями, так как в местах их соприкосновения образуются дыры.
Текстуры hint и skip используются в паре для ручного разбиения зон видимости, что тоже часто помогает избежать тормозов. Это довольно объемный вопрос, поэтому рекомендую прочитать эти статьи:
Руководство по HINT брашам
BSP процесс и видимость
Файл zhlt.wad не нужно прилагать к карте. Он автоматически встраивается в нее во время компиляции.

Для указания осим вращения используются origin-браши.
origin-брашем, по аналогии с clip-брашем, называется браш, выкрашенный в текстуру origin. Он входит в состав таких брашевых энтить, как func_door_rotating, func_rotating, func_train, т.д., и служит центром энтити и осью её вращения. Например, если у вас есть дверь, которая должна вращаться, то создайте в оси ее вращения origin-браш, выделите его и дверь, и обоих сделайте одной func_door_rotating.

Читайте статью про работу с trigger_changelevel