Зайдите в Map->Map properties и увеличьте значение параметра Max Viewable Distance в два или в четыре раза.

Это иногда происходит из-за объединения нескольких брашей в одну func_water-энтитю. Три варианта - сделайте один большой func_water, и растяните его так, чтобы покрыть необходимую область (ничего страшного в том, что вода выходит за пределы карты), делайте разные браши отдельными func_water-энтитями, или не делайте водные браши энтитями вообще, только убедитесь, что они покрыты водной текстурой со всех сторон.

Используйте текстуру clip. Браш, окрашенный этой текстурой невидим, но не дает пройти сквозь него (его называют clip-брашем). Ставьте его также в тех местах, где возможно застревание игрока.
Clip пропускает сквозь себя выстрелы. Если вам нужно, чтобы выстрелы тоже блокировались, то создайте в нужном месте func_wall -энтитю из любой другой текстуры (не clip), и поставьте ей RenderMode = texture, FXamount = 0.
Если нужно, чтобы препятствие исчезало/появлялось, то либо используйте дверь с приведенными выше параметрами отображения, либо func_wall_toggle - активируя ее, вы будете вызывать появление/исчезновение объекта.
Если вы делаете решетку, то делайте её из энтити func_illusionary, а поверх ставьте clip-браш для блокировки игрока. Это позволит играющему стрелять сквозь решетку.