Такова природа декомпиляторов, и с этим можно только смириться. Чтобы получить исходник карты с помощью декомпилятора, надо быть готовым, что придется много над ней сидеть, исправляя ошибки этой программы. Скорее всего, вам фактически придется построить карту заного, используя WinBsp'шный исходник лишь как "трафарет".
Но есть и другая утилита, которую вы можете попробовать - BspTwoMap. Она декомпилирует карту по иному принципу. Работать с исходниками, полученными через нее, тоже не слишком удобно, но они гораздо менее глючные, и даже есть шансы, что карта скомпилится с первого раза.

Стандартный декомпилятор Милкшейпа слегка кривоват, особенно он портит анимации. Рекомендуется использовать плагин "Kratisto's MDL decompiler", который входит в последнюю версию милкшейпа.
Чтобы его использовать, в самой программе выберите его в меню tools.

Как зарегистрировать (или перерегистрировать) MilkShape 1.7.x?

Для начала условимся, где у нас что лежит. Допустим, Халва расположена в каталоге D:\Half-Life, мапы - в D:\Maps, компиляторы - в C:\Worldcraft\ZHLT
Создаем в блокноте новый файл, и пишем нижеследующие команды:

Подавляем вывод строк батника на экран.
@echo off

Переходим на диск, где лежат наши сорсы. Если они лежат где-то на другом диске, то указываем здесь нужный диск (e:, f:...)
d:

Заходим в каталог с исходниками
cd "\Maps"

Прописываем путь к компиляторам
set Path=%path%;"c:\Worldcraft\ZHLT"

Пишем, собственно, необходимые команды компиляции. В конце строки добавляем нужные параметры.
hlcsg map_name -estimate -texdata 8192
hlbsp map_name -estimate
hlvis map_name -estimate -full
hlrad map_name -estimate -extra -nomatrix -chop 32 -low -dscale 1

Вот и ответ на извечный вопрос - "Где прописывать эти (censored) параметры!"
Копируем мапу (если она скомпилировалась без ошибок, конечно!)
copy "map_name.bsp" "\Half-Life\valve\maps\"
copy "map_name.pts" "\Half-Life\valve\maps\"
pause>nul
(последнее нужно чтобы окно после выполнения батника сразу не закрывалось).

Сохраняем как compile.bat. Затем в хаммере делаем File>Export to .MAP.
Запускаем батник, и ждем, пока скомпилится.

Если используете WinNT (2000, XP, etc), то создайте файл такого содержания:

dim OpSysSet, obj
Set OpSysSet = GetObject("winmgmts:{impersonationLevel=impersonate," & _
"(Shutdown)}//./root/cimv2").ExecQuery _
("SELECT * FROM Win32_OperatingSystem" &_
" WHERE Primary=true")
For Each obj In OpSysSet
obj.Win32Shutdown(8)
Next

Сохраните как c:\windows\poweroff.vbs
В батнике удалите строку "pause>nul", и вместо нее напишите poweroff.vbs

Если пользуетесь Win9*/Me, то просто замените в батнике строчку "pause>nul" на rundll32 user,exitwindows